噪聲問題在風機盤管系統中，有時一開機就會產生令人煩躁的噪聲，從而使整個系統的運行狀況極不正常。造成這種現象的原因通常是由于風機盤管選配不當，噪聲源自于風機產生的聲功率級及百葉風口的氣流噪聲。特別在一些賓館客房中，風機盤管的噪聲常常導致客人的投訴。
在設計施工中，應盡量選用低噪聲風機，在滿足風量風壓前提下，適當選擇低轉速的風機，以降低其空氣動力噪聲。對一些需求較高的房間，可在風機盤管的出風口做消聲處理或添加消聲裝置，在安裝時還要注意做好減震及找平等工作。
2回風過濾問題許多采用風機盤管系統的房間，在第1～2年空調效果很好，3年以后冷量下降很多，室溫無法降下來。經調查，原因是回風口未裝空氣過濾網。
由于風機盤管系統為濕工況運行，若回風未過濾，空氣中含塵量較高，空氣中的灰塵或其它細小纖維，遇上潮濕的盤管就會沾在上面，很難清理，久而久之，導致盤管熱交換效率降低，使室溫無法達到設計要求。所以凡是設計臥式暗裝風機盤管，在投資允許的條件下應加設空氣過濾器或過濾網蒸發器靠鋁翅片來換熱的，室內空氣中含有水份、灰塵、微生物、細菌等微粒，從吸風口吸入。首先，經過過濾網，有近20%大的塵粒被過濾網所吸附。而80%的細小塵埃、細菌等微粒，在經過鋁翅片細小縫隙時（1mm間隙，65mm厚度），由于翅片涼而空氣熱，在翅片表面產生了滴露，空氣中的微粒都被粘附在鋁翅片的表面，日積月累形成了厚厚的污垢，大大降低了熱效率，達不到額定值。我們的維修技工會遇到運行了兩至三年的風機盤管開高速檔而無效果，發現電機及風輪運行正常，且能達到額定轉速，探測出風口（散流器）無風。
3主機及末端設備過濾器堵塞
4維護：風機盤管經常出現的毛病通常有三個：
A.溫度調不起來：電系統、水系統、風系統。其中關鍵是盤管熱交換能力喪失（鋁翅太臟或濾網堵塞）；水管內有空氣，形成“氣堵”現象；
B.漏水；
C.噪音超標。
